MSWP merupakan salah satu agensi di bawah Kementerian Wilayah Persekutuan dan Kesejahteraan Bandar (KWPKB) dan penubuhan MSWP adalah bertitik tolak daripada penggabungan ketiga-tiga Wilayah Persekutuan iaitu Kuala Lumpur, Putrajaya dan Labuan. Sebelum kewujudan MSWP, Majlis Sukan Kuala Lumpur (MSKL) ditubuhkan pada tahun 1979 di bawah Akta Majlis Sukan Negara Malaysia (MSNM) 1971, Perintah MSNM, Jadual Kedua (Pindaan) 1988. MSKL pada masa itu berada di bawah pentadbiran Dewan Bandaraya Kuala Lumpur (DBKL) bertanggungjawab untuk melaksanakan program pembangunan sukan di Wilayah Persekutuan Kuala Lumpur seperti program pembangunan sukan atlet remaja, atlet berbakat dan berprestasi tinggi (elit) dalam arena sukan tempatan baik di peringkat dalam negeri mahupun antarabangsa.

Mulai 28 Oktober 1996, MSKL telah dipisahkan daripada DBKL dan diletakkan di bawah Bahagian Kemajuan Wilayah Persekutuan dan Perancangan Lembah Klang (BKWPPLK), Jabatan Perdana Menteri (JPM) berdasarkan kepada keputusan Jawatankuasa Kerja Bagi Mengkaji Jawatan-Jawatan Tertinggi (JKTT) Bil. 10/1996. Pada 27 Mac 2004, Kementerian Wilayah Persekutuan telah ditubuhkan dan BKWPPLK, JPM menjadi sebahagian daripadanya.

Walau bagaimanapun, fungsi MSKL pada masa tersebut adalah tidak meliputi ketiga-tiga Wilayah Persekutuan iaitu dari segi Akta Majlis Sukan Negara Malaysia (Pindaan) 1979 (Akta A460); Seksyen 2 (a). Seksyen tersebut hanya menyatakan kewujudan MSWP dan Majlis Sukan Negeri di bawah Seksyen 7 dan tidak merujuk kepada MSKL.

Penentuan status perundangan MSWP dan kedudukannya sama ada di bawah Perkhidmatan Awam Persekutuan (PAP) atau Perkhidmatan Awam Negeri (PAN) telah berjaya diselesaikan. Kedudukan MSWP yang diwujudkan di bawah Akta Majlis Sukan Negara 1971 (Akta 29) di mana Akta tersebut perlu dibaca bersama dengan Perintah Majlis Sukan Negara Malaysia (Pengubahsuaian) 2006 [P.U.(A) 89/2006] yang berkuatkuasa pada 10 Mac 2006.

MSWP telah diperbadankan sebagai sebuah Badan Berkuasa Berkanun Persekutuan mulai pada 1 April 2012 selaras dengan Perintah Majlis Sukan Negara Malaysia (Pengubahsuaian) 2006. MSWP bertindak sebagai badan induk yang menyelaras pembangunan sukan berprestasi tinggi di Wilayah Persekutuan. MSWP juga bertanggungjawab dalam pelaksanaan program pembangunan sukan, pengurusan kemudahan sukan, program latihan, penganjuran dan penyertaan kejohanan sukan serta menjadi urus setia bagi Kontinjen Wilayah Persekutuan ke Sukan Malaysia (SUKMA).